המתיבתא בנויה משלוש חטיבות ו’-ח’ אשר כל חטיבה מחולקת למספר כיתות הנותנות מענה לימודי לפי רמתו של החניך.
הלימודים מתקיימים תוך הקפדה על התאמה אישית של התכנית לכל תלמיד: במסגרת זו מתקיים פרויקט חונכות לילדים הזקוקים לעזרה לימודית ורגשית בדגם חיובי לחיקוי ע”י חונך אישי המלווה את הילד לממש את הפוטנציאל הגלום בו, לפתח הערכה עצמית חיובית ולשגשג. במידת הצורך מתקיימים גם שיעורים פרטניים ושיעורי עזר.
בכדי להגביר את המוטיבציה הלימודית בקרב התלמידים מקיימת המתיבתא פעילויות שונות חודשיות ואטרקטיביות בנושאים הנלמדים .
בין השאר: חידונים נושאי פרסים, תחרויות בין הכיתות השונות ועוד.
מסלולי הלימודים המותאמים מהווים “מקפצה” עבור התלמידים וכלי משמעותי למיצוי הפוטנציאל הטמון בכל ילד וילד.